Ich würde nur das Audio neu konvertieren und das ganze in einen MKV Container packen.
Haali MediaSplitter installieren dann mit GDSMux das Video nach MKV umpacken und hierbei das Audio neu codieren.
Nachtrag:
Ähm sorry, habe wohl deine Frage leicht schläfrig gelesen.
Hast ja anscheinend schon nach MKV gepackt und nur noch Probleme mit der Synrchonität.
Uff, da gibt’s nur noch Möglichkeiten dies mit einem Delay auszugleichen, zumindest es zu versuchen.
Das MKV mit
AVIDemux öffnen und mit dem Audio Delay etwas herumspielen bis es in etwa synchron ist.
Gruß ZeroMike